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sábado, 31 de dezembro de 2011

Gene Repórter ano 4: resposta do enigma

Eis a resposta ao enigma do concurso cultural dos três anos do Gene Repórter.

Os caracteres correspondem aos símbolos chineses para os elementos da tabela periódica. Os símbolos em alfabeto latino correspondem a uma aproximação de "Barbara McClintock", botânica americana ganhadora do prêmio Nobel de Medicina e Fisiologia em 1983 por sua descoberta de elementos genéticos móveis, os transposons.

Upideite(05/jan/2012): O vencedor é Ricardo Kossatz do Lógica Mente. O prêmio já foi despachado. Agradeço a participação de todos.

quarta-feira, 21 de dezembro de 2011

Um supercomputador distribuído para o Brasil

Mais uma proposta para um projeto. Não tem todos os detalhamentos necessários para ser chamado de projeto, mas apenas uma ideia geral para ser desenvolvida.

No Brasil temos atualmente mais de 100 mil lan houses (que fornecem acesso à internet para 32 milhões de usuários). Boa parte delas em situação informal (somente cerca de 13% são formalizadas), com uma média de 6 a 10 computadores cada - provendo cerca de 400 horas semanais de acesso.

Agora, imaginemos que consigamos um índice de formalização de 50%. Serão 300-500 mil computadores. Sigamos imaginando. Agora que cada um desses terminais tenha instalado um software de computação distribuída no estilo BOINC - formaria uma rede de tamanho equivalente. O projeto BOINC tem uma respeitável capacidade de processamento de 5,3 petaflops. O supercomputador mais poderoso operando no Brasil tem capacidade de 258 teraflops.

Agreguemos à essa rede os computadores comprados com verbas federais destinados ao ensino e à pesquisa. Só o programa Um Computador por Aluno licitou 150 mil máquinas. É possível que se possa ultrapassar a marca dos 8,2 petaflops do K Computer - o mais rápido supercomputador até o momento.

A instalação dos softwares em terminais de lan houses poderia ser exigida como condição de formalização - e não traria maior custo aos proprietários - e, nos computadores adquiridos por verbas federais, os programas poderiam ser instalados como condição do edital.

Parceriais com governos estaduais e municipais poderiam ampliar ainda mais a base da rede.

Upideite(05/jan/2012): Há, no entanto, uma limitação relativamente séria - localizado quase que exclusivamente em território nacional, tal supercomputador teria uma janela diária de funcionamento limitado a cerca de 8 a 10 horas (alguns equipamentos poderiam permanecer 24 horas funcionando, mas longe de fornecer, em conjunto, uma capacidade significativamente grande de processamento).

Upideite(22/jun/2016): Desde então as lan houses passaram por uma crise, fechando um grande número delas. Dos 100 mil estimados em 2011, em 2013 eram 60 mil. Com as ascensão dos smartphones no acesso à internet, talvez sua base possa substituir, ainda que parcialmente, a perda da base de lan houses, por meio de aplicativos de ciência cidadã ou mesmo de  jogos puros.

quinta-feira, 15 de dezembro de 2011

Supernova dá pistas sobre como surge o sensacionalismo

Sites noticiosos brasileiro reproduzem notícia da BBC Brasil.

Explosão de supernova dá pistas sobre formação da vida
"A explosão de uma estrela supernova em uma galáxia a 21 milhões de anos-luz deu a cientistas um raro vislumbre de como a explosão de estrelas pode gerar vida no universo. Astrônomos capturaram as imagens da explosão da supernova SN2011fe, na galáxia Cata-vento na constelação de Ursa Maior, apenas 11 horas depois do evento."

Quem lê a manchete e o primeiro parágrafo vai imaginar que a vida surgiu por algum processo relacionado à explosão de uma estrela de modo mais direto. Seria que a energia liberada catalisaria as reações químicas que levaram à emergência da vida?

Nada disso. Na verdade não tem nada a ver com a vida. Tem a ver com a *dispersão* de *elementos químicos* mais pesados do que carbono: oxigênio, magnésio, silício, cálcio e ferro. Não se trata nem ao menos da formação de monômeros (como aminoácidos, nucleotídeos e açúcares) que formam as macromoléculas orgânicas.

Sim, oxigênio e ferro são fundamentais para a vida como a conhecemos aqui na Terra. Mas sua simples presença, pelo que sabemos, passa longe de ser o suficiente para a formação de seres vivos.

O site do jornal inglês The Guardian foi mais comedido:

Supernova explosion gives a glimpse of how ingredients for life are created ["Explosão de supernova dá pistas sobre como ingredientes da vida foram formados."]

Mas também poderiam ter dito: "pistas sobre como ingredientes da ferrugem foram formados". Menos chamativo, mas menos errado - e se optam pelo que é mais chamativo em detrimento da correção podemos chamar de sensacionalismo, não? (Menos errado porque ainda assim estaria errado: o trabalho não diz como os elementos se formam, mas como se espalham. A formação dos elementos ocorre no intervalo de fração de segundos após o início da explosão. 11 horas depois - que são o tempo a que se referem os dados analisados - os elementos já estão formados há... 11 horas.) O que podemos dizer então da versão do título da matéria da BBC Brasil?

Vejamos o contraste entre o que é sugerido (ou afirmado) no título com o que é reportado de fato: "Com o tempo estes elementos vão se transformar nos blocos de construção de novos sistemas solares e, possivelmente, de seus habitantes vivos." ("Possivelmente"? Bem menos assertivos.)

O achado não dá pista nenhuma sobre a formação da vida. Já se sabia que supernovas eram a fonte de átomos mais pesados. E que átomos mais pesados são necessários para a construção de formas de vida como a nossa. A novidade é que se detalha mais como esses elementos (formados durante a própria explosão) espalham-se - já que se pôde obter dados pouco tempo após a explosão: 11 horas de intervalo (atenção! não quer dizer que a estrela observada explodiu há apenas 11 horas do início da coleta dos dados - quer dizer que foram capturadas ondas eletromagnéticas geradas 11 horas após a explosão, que se deu uns 21 milhões de anos atrás). E saber como ferro e oxigênio se espalham não nos esclarece em nada (ou quase nada) como a vida surge da combinação dos elementos químicos - a vida poderia ter surgido a partir desses elementos independentemente da origem de tais elementos. Se carbono, oxigênio, etc. sintetizados, digamos pela decomposição térmica de madeira, fossem dispostos nas condições (ainda desconhecidas) que levaram à origem da vida na Terra, isso deveria levar ao surgimento da vida com a mesma probabilidade de que carbono, oxigênio, etc. liberados e sintetizados na explosão da supernova nessas condições levariam (salvo talvez pela composição isotópica original).

Este blogue começou com uma postagem sobre o sensacionalismo que se faz nesses anúncios de resultados referentes à astrobiologia, e desde então diversas outras vezes o mesmo erro tem sido cometido - muitas vezes por indução dos próprios cientistas, mas com colaboração dos jornalistas que parecem ávidos por esse tipo de declaração e não costumam questioná-los.

sexta-feira, 2 de dezembro de 2011

Especulando: E se o processo de submissão de artigos às revistas fosse unificado?

Conversando com a Lucia Malla e Carlos Hotta pelo twitter a respeito da submissão e análise de artigos científicos pensei em modo de racionalizar um pouco esse trabalho.

Na verdade é algo bastante improvável de ser posto em prática, daí ser mais especulação do que propriamente uma proposta.

Embora as ferramentas online tenham barateado em muito o processo - eliminando os custos de postagens de toda a papelada - e programas de gerenciamento (também online) de submissão e análise ajudem em muito a tarefa do editor em organizar tudo isso, o fator tempo ainda não foi de todo eliminado.

Os revisores precisam ler o artigo com cuidado, consultar a bibliografia, eventualmente refazer as contas e tudo isso enquanto ele mesmo tem que cuidar de seus afazeres: pesquisar, atender seus alunos de iniciação e pós-graduação, participar de congressos, preparar e ministrar aulas, escrever projetos, preencher pedidos de bolsas e de financiamento, participar de congressos e conselhos, etc., etc. (sem falar da própria vida pessoal). Pode levar alguns meses entre indas e vindas de versões do artigo até a resposta final: rejeição ou aceite.

No caso de aceite, ótimo, hora de estourar a champanha. Caso o artigo seja rejeitado - depois de corrigir os problemas apontados -, os autores precisam buscar outro periódico e haverá a repetição de todas as etapas. A taxa de rejeição de revistas consideradas de primeira linha é de 90 a 95% dos artigos submetidos. Mas muitos são rejeitados antes mesmo de serem levados à revisão pelos pares: pode ser por inadequação temática ou até mesmo por não estar na formatação correta ou estourar o limite de tamanho.

Com uma taxa de rejeição de 90%, um artigo, em média, receberia cerca de 10 rejeições antes de ser aceito. Com uma taxa de 70%, cerca de 3 rejeições. Mesmo uma taxa de 45% (a menor analisada por Björk & Holmström 2006), levaria a uma média de 1,8 rejeição por artigo antes de ser aceito. Na edição da Nature de 01/dez/2011, a média do tempo entre a submissão e o aceite dos artigos publicados foi de 207±105 dias - na análise de Björk & Holmström 2006, o atraso de publicação variou de 7,6 a 21,8 meses.

Por outro lado, com boa razão, a submissão simultânea do mesmo artigo a mais de uma revista é considerada uma prática condenável. Isso pode levar à multiplicação da publicação de um mesmo artigo, além de levar a trabalhos desnecessários de revisão.

O que pensei foi em um sistema unificado de submissão e avaliação. Os autores enviariam o artigo uma única vez. Assinalando em quais revistas gostaria de publicar bem como a ordem de preferência entre elas. O artigo seria analisado por uma única banca de revisores. Os editores das revistas assinaladas teriam acesso aos relatórios dos revisores e atribuiriam uma nota ao artigo indicando o quão adequado ele é à sua publicação. As notas dos editores seriam ponderadas de acordo com a ordem de preferência dos autores, a maior nota ponderada seria então da revista na qual o artigo seria publicado.

Naturalmente, para evitar conflitos, as notas do editores e a ordem de preferência dos autores seriam sigilosas.

Não é um sistema imune a falhas, claro. Talvez um ponto de discórdia possível seria quanto à escolha dos revisores que satisfizesse a todos os editores. Outro ponto que geraria problemas é em relação ao tamanho dos artigos. Mas autores e editores sempre poderiam optar por uma revisão em separado - voltando ao sistema atual.

A Figura 1 é adaptada de Björk & Holmström 2006, mostrando os aspectos que os autores devem considerar na hora de escolher uma revista para a submissão. Em amarelo, destaco os itens que seriam eliminados em um sistema unificado.

Figura 1. Fatores de decisão para escolha de publicação para submissão de artigo científico.

Referência
Björk, B., & Holmström, J. (2006). Benchmarking scientific journals from the submitting author's viewpoint. Learned Publishing, 19 (2), 147-155 DOI: 10.1087/095315106776387002

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